En la victoria del Madrid sobre el Liverpool de 2021, ellos dos habían sido fundamentales. El 29 de enero de 2020, Ngakia debutó con el West Ham, en un partido que se saldó con una derrota por 2-0. Correspondía a una jornada de la Premier League en la que perdió contra el Liverpool. Luego de ser operado de la lesión que afectó el tobillo y lo margino de la Copa del Mundo, volvió a jugar un partido oficial por la Fiorentina en la tercera fecha de la Serie A frente al Atalanta en Bérgamo, el 21 de septiembre de 2014, en aquel encuentro asistió en el gol del triunfo a Kurtic, siendo elegido la figura del encuentro, tras esto formó parte del equipo ideal de la tercera fecha del Calcio, en la fecha siguiente solo participó de los últimos 5 minutos en el empate entre la Fiorentina y el Sassuolo 0-0, volvió a jugar los 90 minutos en la quinta fecha ante el Torino en el empate 1-1, en la sexta fecha nuevamente volvió a ser titular absoluto y jugó los 90 minutos ante el Inter de Milán en el triunfo 3 a 0 del conjunto Viola, Fernández fue el autor intelectual del segundo gol tras brillante acción personal, donde trianguló con Babacar y Juan Guillermo Cuadrado lo que terminó en el gol del colombiano, su gran actuación lo llevó a formar parte del equipo ideal de la sexta fecha, reafirmando así su repunte futbolístico en el Calcio, durante las siguientes fechas, se afianzó en la titularidad, siendo el enganche del equipo, guio a la «Fiore» en los triunfos ante el Hellas Verona (1-2), luego anotó su primer doblete en Italia al Cagliari (4-0) por la fecha 13 del Calcio, marcando primero de tiro libre y luego con un potente disparo raso, lo que le valió ser elegido el jugador del partido, en la fecha 14 ante la Juventus (0-0), nuevamente fue el mejor de la cancha y recibió nuevamente la distinción al jugador del encuentro, en la fecha 15 participó en los 4 goles de la Fiorentina con los que derrotó al Cesena (4-1) anotándose su undécima asistencia con la camiseta Viola y la segunda de la temporada, nuevamente Fernández fue distingido por los hinchas como el mejor de la jornada.

En el último encuentro de la primera ronda, los chilenos lograron clasificarse para el hexagonal final tras golear por 5 a 1 a Ecuador. Este torneo fue negro tanto para Matías como a la selección chilena en general, ya que Chile cayó eliminado en la fase de grupos, tras perder tres partidos (contra Uruguay, Ecuador y Brasil), y tan solo ganar un partido (a Venezuela.

Debutó en partidos oficiales en el último partido de las Clasificatorias a Alemania 2006 contra Ecuador en Santiago, ingresando por Luis Jiménez en el minuto 68. Partido con el que Chile finalmente quedó fuera del Mundial de Alemania. Tres meses después, anotó un golazo contra Estonia al minuto 21′ marcando desde 30 metros el 1-0 parcial, en un encuentro amistoso que Chile ganó 4 a 0 en el Estadio Monumental, Matías salió al minuto 67′ por Luis Antonio Jiménez bajó una ovación del estadio. A partir de entonces sumó muchos más minutos, y tuvo destacadas actuaciones como ante el Dnipro y el Pandurii por la Europa League, y fue vital en el triunfo de su escuadra ante la Juventus, ya que en dicho encuentro recibió un penal y asistió a Rossi para consolidar el 4-2 definitivo, el 19 de enero de 2014, anotó su segundo gol por el Calcio ante el Catania, abriendo la cuenta tras empalmarla de primera con empeine al borde del área.

El 17 de agosto de 2005, Matías debutó con la selección adulta en un amistoso contra Perú ingresando al minuto 67 por Manuel Iturra, encuentro que ganaría la bicolor por 3 a 1. El 7 de octubre de 2006, en el estadio Sausalito, se estrena como goleador marcando dos goles, ambos de tiro libre, en la victoria chilena por 3 a 2 frente a Perú en el partido de ida de la Copa del Pacífico.

Entonces, en el minuto 94, Agüero recibió una pelota de Balotelli, dribleó dentro del área de penal, y remató un potente disparo al segundo palo que acabó en la victoria del City y su primer título de liga desde 1968. El gol de Agüero provocó la locura en el Etihad Stadium, y el delantero fue tirado al piso por todos sus compañeros que no paraban de abrazarlo. Posteriormente, el 15 de julio se jugó la Super Copa MX, donde Necaxa se alzó con la victoria sobre el C. F. Monterrey, esta vez con Matías como el capitán del equipo, logrando su segundo título consecutivo.

Ante México (victoria 1-0) no jugó, y puso en duda su continuidad en la selección. Su debut con el Milan sería frente al Unione Sportiva Città di Palermo en la fecha 12 de la Serie A, entrando en el minuto 63′, donde fue victoria para Milan por 2-1 y anota gol de los 12 pasos via penal . No sería hasta la fecha 29 donde anotó su segundo gol con el Milan, en el triunfo por la mínima sobre el Genoa.

El día sábado 19 de mayo de 2013 convierte su primer gol en el calcio italiano tras una «pared» con Borja Valero dando como resultado un golazo de media distancia y a ras de suelo frente al ya descendido Pescara en la última fecha de dicho campeonato. Su tercer gol en el Calcio lo marcó el 24 de febrero ante el Parma en condición de visita, tras un tiro libre al ángulo del palo que defendía el portero local. El árbitro mostró una tarjeta amarilla al United (James), mientras que el equipo local no vio ninguna. 15:17 Rodrygo y Hazard, lesionado durante gran parte de la temporada, tuvieron mucho menos presencia en el equipo.

En liga el conjunto blanquiverde osciló en la zona templada de la clasificación durante todo el campeonato, aunque en los últimos meses, equipacion real madrid 2022 una buena racha le hicieron quedarse muy cerca de los puestos de ascenso. Milan ganó por 3-0 donde fue la figura del partido dando 2 asistencias para los goles de Gerard Deulofeu y de Gianluca Lapadula, dándole la clasificación a su club a la UEFA Europa League luego de unos años sin jugar competiciones europeas. También participó en la Copa Libertadores 2011, allí perdió 5-3 (en el resultado global) contra Grêmio de Porto Alegre (Brasil) en la primera fase de clasificación.

La Rojita debutó en la fase final el 25 de enero ante el anfitrión, Colombia, perdiendo por 4 a 3. Pese a la derrota, Matías tuvo una destacada actuación: además de provocar el penal que acabó en el primer gol chileno, concretado por Fernando Meneses, marcó el segundo tras una carrera desde tres cuartos de cancha. El 4 de febrero es confirmada la llegada al Atlético Junior de la Categoría Primera A de Colombia por petición del técnico Luis Fernando Suárez, rompiendo así el mercado de fichajes en el fútbol colombiano. Fue convocado en 2002 por César Vaccia, entrenador de la selección chilena sub-17, para disputar el Sudamericano Sub-17 de 2003, en mayo del año siguiente.

Cabe mencionar que ese fue el único partido que jugó por Chile el 2014, jugando 1 solo minuto por la selección durante todo ese año. Molesto, un aficionado de la selección africana desplegó una pancarta durante el partido en la que se podía leer: «¡Los nigerianos no amañamos los partidos, los ganamos!». Después, el 20 de enero, Chile sufrió su primera derrotar al caer 4 a 2 ante Brasil; Matías no tuvo la misma incidencia que en el partido anterior. El 8 de octubre de 2018, volvió a ser convocado a La Roja, para los partidos ante Perú y México, tras la lesión del convocado Pedro Pablo Hernández, marcando el regreso de Fernández a la Roja tras 2 años sin ser convocado.

Sin embargo, el 20 de mayo de 2014 debido a una lesión en el tobillo derecho el jugador señaló que no viajará a Brasil, chandal real madrid decidiendo operarse y por ende se perdería el Mundial. El 2 de febrero, frente a Brasil, el calerano inicia por primera vez en el campeonato un partido como suplente, ingresando en el segundo tiempo reemplazando a Fuenzalida. El equipo entrenador por César Luis Menotti y comandado por jugadores de talla mundial como Mario Alberto Kempes, Daniel Pasarella u Osvaldo Ardiles, consiguió la segunda plaza en la primera fase de grupos, después de ganar por 2 a 1 a Hungría, por 2 a 1 a Francia y caer por 0-1 ante Italia.

Finalmente, Chile cerró su «irregular» paso por la fase de grupos, con una derrota ante Marruecos por 1-0, cerrando la fase de grupos con tres puntos, lo que le bastó para clasificarse a octavos de final. El 29 de febrero de 2012 marcó de penal ante Ghana en la igualdad 1-1 justamente anotando el empate final al minuto 75 de partido en Estados Unidos, siendo elegido como figura del partido.